我国激励企业自主创新优惠政策经过几十年的发展，政策形式愈加丰富，惠及对象持续扩展，优惠力度不断加大，初步形成了以产业性优惠为主体、覆盖现行主要税种的税收优惠政策体系。

一、我国激励企业自主创新税收优惠政策体系的主要特点

1.激励企业自主创新税收优惠政策的来源主要是行政法规和部门规章，这些政策更多的是政府根据经济形势变化相机抉择的结果，体现了政策的多元性和灵活性。

2.优惠政策涉及税种以企业所得税为主，同时覆盖个人所得税、增值税、关税、消费税、房产税和印花税等税种。

3.税收优惠方式既包含优惠税率、定期减免、超额返还等直接优惠，也包括加计扣除、加速折旧等间接优惠。

4.优惠政策具有产业化特征，优惠政策涉及的产业既包括软件、集成电路等高新技术产业，也包括轻工、机械、汽车等传统制造产业。

5.优惠政策激励范围呈现出扩大化、多元化趋势，既包括对产业的税收激励，又包括对创新人才的激励，还包括对创新领域投融资的激励，等等。

二、激励企业自主创新税收优惠政策制定和实施中存在的问题

1.税收优惠政策的规范性、科学性、系统性有待提高。第一，税收优惠政策制定权配置不合理。税收优惠政策制定权作为税收立法权的一部分，应该集中于作为国家权力机关的全国人民代表大会及其常委会。但现实中，中央财税主管部门和地方各级政府是大量税收优惠政策的制定主体，立法层次较低，“政出多门”、随意“免税引资”的情形时有发生，这将导致税制混乱、政策效力递减甚至失效。第二，税收优惠政策结构与税制结构存在矛盾。我国目前实施的激励企业自主创新的税收优惠政策主要以企业所得税为主，然而我国目前的税制结构中，增值税是第一大税种。以所得税为主的税收优惠政策结构与以增值税为主体的税制结构之间存在矛盾，不利于政策激励作用的最大化。

2.税收优惠政策覆盖面有所局限。第一，目前激励企业自主创新税收优惠主要针对部分特定产业，优惠对象较为集中。这会导致税收优惠覆盖不到部分新兴产业，从而影响政策整体的导向性，进而影响经济创新和科技发展水平的提高。另外，如果长期对某一或某些行业实施税收优惠，也容易导致我国受到WTO有关补贴的指控。第二，现行针对企业自主创新的税收优惠政策常被形容为“事后优惠”，即更多集中于产业化、成果化的阶段，而对于产生新技术、新产品的初始环节——研发、试验等环节激励不足，政策效果一般。这一方面与优惠政策以企业所得税为主密切相关；另一方面则是由于优惠政策的适用依据主要是企业资质而非研发活动，而研发前期巨大的沉没成本很容易让企业对自主创新望而却步。

3.税收优惠政策效果有待进一步强化。第一，对初创企业自主创新激励效果较差。受资产规模、资金渠道、管理体系等方面的限制，初创企业的自主创新活动在市场竞争中不确定性更大，风险抵御能力也更有限，同时初创企业在争取财政补贴或融资贷款等方面也面临更多困难。而我国目前许多自主创新优惠政策主要针对高新技术企业、科技型中小企业等，未能覆盖许多初创期的企业。此外，许多税收优惠政策的认定条件过高，一些初创和其他特殊企业难以达到。这些均导致税收优惠政策的效果大打折扣。第二，人力资本激励需要强化、优化。人力资本投入对于自主创新投入强度、创新产出的数量和质量都具有十分重要的影响。当前我国针对人力资本激励的税收优惠政策不断完善，但仍需强化、优化。从企业职工教育经费税前扣除政策看，自2018年1月1日起，我国将一般企业的职工教育经费税前扣除限额与高新技术企业的限额统一，从2.5%提高至8%，有效缓解了大多数企业培训费用扣除不足的问题，但税收优惠力度和深度仍有待进一步提高。此外，部分税收优惠措施仍需优化和完善。例如，科技人员以其知识产权专利投资入股缴纳个人所得税，被投资企业支付的对价全部为股票（权）的，可选择5年内递延纳税，但现实中，往往不是所有科技成果入股就能够马上变现，也并非所有成果都能在5年内取得收益，这就造成科技人员无现金收入却需要缴纳个人所得税的情况。

4.税收优惠政策还需要进一步落地。第一，政策适用门槛较高，将部分企业排除在外。如研发费用加计扣除税收优惠政策适用于会计核算健全、实行查账征收并能够准确归集研发费用的居民企业，这对于许多企业而言门槛较高。第二，政策落地需要更高征管和纳税服务水平配套。日渐庞杂的税收优惠体系需要完善的税收征管法律、法规和严密的征管手段作支撑。

三、激励企业自主创新税收优惠政策的优化

1.加强政策规范性及协调性，优化政策结构。一方面，要落实税收法定原则，将税收优惠政策制定权逐步收归全国人民代表大会及其常委会，清理中央财税主管部门制定的税收优惠政策，以保证税收优惠政策的权威性和统一性。另一方面，在强调税权集中的同时，也要顾及地方的实际情况和需求，给予地方一定程度的税收优惠政策制定权。对于地方税种或中央与地方共享税种，可由全国人大授权地方人大在一定幅度和范围内制定适合地方实际情况的税收优惠政策，以保证税收优惠政策的灵活性和适应性。各级政府、机关在制定当地税收优惠政策时应注意加强信息沟通和交流，建立宏观、微观层面合理的信息共享平台，中央也可以适当干预和监督，尽可能使各地政策互相协调，避免出现“以邻为壑”的现象，以共同营造有利于企业自主创新的税收环境。

2.拓宽政策覆盖，使之全面具体。可适当扩大税收优惠政策所覆盖的产业，进一步向国家重点鼓励的高科技领域倾斜，如在量子物理、生物科学、人工智能等领域推出更多税收优惠政策，从而使更多自主创新企业得到激励。完善企业生产各个环节所涉及的税收优惠，在注重终端环节的基础上，还要注重对新技术、新产品的研发、试验等环节的激励。

3.加大优惠力度，改善政策效果。适当对初创企业实行特别税收优惠，从而在一定程度上减轻其税收负担，这符合税收量能负担原则，也是世界各国通行的做法。例如，研发费用扣除结转5年的政策在缓解初创期企业当下财务压力方面缺乏实质效果，因此可以考虑设置特殊宽限。同时，进一步加大对人力资本的税收优惠力度。例如，可以对主要研发人员所获奖金或津贴等进行适当税收减免，对科技人员的股权分配及其转让也可考虑暂不征收个人所得税；进一步提高职工教育培训费的税前扣除比例；对为企业提供资金的投资者，包括个人投资者、创投企业、金融机构等，在资本运作中有助于企业自主创新的部分予以优惠，如对以资金、非货币性资产等投资的企业，适当放宽其享受税前抵扣投资额的条件，允许金融机构对特定企业特定项目的贷款取得的利息收入免征增值税等。

4.优化认定程序，促进政策落地。可考虑拓宽税收优惠政策的适用范围，使更多的自主创新企业受益。适时调整优惠认证限制，如适度减少高新企业资格认定指标；在考虑高新企业资质问题上多考虑发明专利与成果转化的占有率等。此外，还可以建立高新技术企业预认定平台，从宏观层面掌握微观动态，利用大数据平台定期优化和调整优惠门槛，完善认定程序。同时，提高征管效率，优化纳税服务。